1. Chủ trì xây dựng, trình Bộ trưởng chiến lược, quy hoạch, kế hoạch dài hạn, trung hạn và hàng năm, các chương trình, dự án quốc gia, các đề án phát triển thuộc ngành hàng hải trong phạm vi cả nước.

2. Chủ trì xây dựng, trình Bộ trưởng các dự án luật, pháp lệnh, dự thảo văn bản quy phạm pháp luật về hàng hải.

3. Chủ trì xây dựng, trình Bộ trưởng ban hành hoặc đề nghị cơ quan có thẩm quyền ban hành tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia và định mức kinh tế - kỹ thuật chuyên ngành hàng hải; tổ chức xây dựng và thẩm định, công bố tiêu chuẩn cơ sở chuyên ngành hàng hải.

4. Lập kế hoạch và dự toán kinh phí bảo trì kết cấu hạ tầng hàng hải hằng năm, trung hạn (hoặc theo kỳ kế hoạch) trình Bộ Giao thông vận tải phê duyệt và tổ chức thực hiện theo quy định.

5. Tổ chức thực hiện các văn bản quy phạm pháp luật, chiến lược, quy hoạch, kế hoạch, tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật và định mức kinh tế - kỹ thuật chuyên ngành hàng hải được cấp có thẩm quyền ban hành, công bố hoặc phê duyệt; quy định việc áp dụng một số tiêu chuẩn, quy trình kỹ thuật, nghiệp vụ đối với các tổ chức, đơn vị hoạt động trong lĩnh vực hàng hải phù hợp với pháp luật về hàng hải và thẩm quyền quản lý, điều hành của Cục Hàng hải Việt Nam.

6. Tổ chức tuyên truyền, phổ biến giáo dục pháp luật về hàng hải.

7. Về quản lý cảng biển, cảng cạn, hệ thống thông tin duyên hải, luồng hàng hải, hệ thống báo hiệu hàng hải, các khu nước, vùng nước, cơ sở sửa chữa, phá dỡ và đóng mới tàu thuyền:

a) Tổ chức quản lý hoạt động hàng hải tại cảng biển;

b) Tổ chức quản lý, giám sát việc thực hiện quy hoạch cảng biển, cảng cạn, hệ thống thông tin duyên hải, luồng hàng hải, hệ thống báo hiệu hàng hải, các khu nước, vùng nước, cơ sở sửa chữa, phá dỡ và đóng mới tàu thuyền phù hợp với quy định được phê duyệt và đảm bảo an toàn hàng hải, phòng ngừa ô nhiễm môi trường.

c) Thực hiện quản lý kết cấu hạ tầng cảng biển, cảng cạn, luồng hàng hải được giao quản lý; tổ chức đấu thầu cho thuê khai thác bến cảng, cầu cảng được đầu tư bằng vốn ngân sách nhà nước hoặc được giao quản lý theo quy định của pháp luật;

d) Trình Bộ trưởng công bố đóng, mở cảng biển; công bố mở cảng cạn, danh mục cảng cạn; công bố vùng nước cảng biển, luồng hàng hải và khu vực quản lý của Cảng vụ hàng hải;

đ) Trình Bộ trưởng quyết đinh đưa cơ sở phá dỡ tàu biển vào hoạt động và dừng hoạt động cơ sở phá dỡ tàu biển;

e) Quyết đinh công bố mở, đóng cầu cảng, bến cảng, bến phao và các khu nước, vùng nước theo quy định của pháp luật;

g) Xây dựng, công bố và cập nhật danh bạ cảng biển và luồng hàng hải;

h) Chủ trì, phối hợp với các cơ quan tổ chức liên quan lập, trình Bộ Giao thông vận tải phê duyệt nội dung, kế hoạch xây dựng, hiệu chỉnh, phát hành hải đồ vùng nước cảng biển và luồng hàng hải;

i) Thẩm định, báo cáo Bộ Giao thông vận tải việc chuyển đổi điểm thông quan hàng hóa xuất, nhập khẩu thành cảng cạn theo quy định.

8. Về quản lý tàu biển, thuyền viên, hoa tiêu và nguồn nhân lực hàng hải khác:

a) Xây dựng, trình Bộ trưởng Ban hành hoặc để Bộ trưởng trình Chính phủ ban hành quy định về đăng ký, xóa đăng ký, quản lý mua, bán tàu biển, chức danh, tiêu chuẩn theo chức danh thuyền viên, định biên của tàu biển Việt Nam và vùng hoa tiêu hàng hải bắt buộc;

b) Tổ chức đăng ký tàu biển, thuyền viên theo đúng quy định pháp luật;

c) Thực hiện việc cấp, thu hồi chứng chỉ chuyên môn, sổ thuyền viên và các giấy tờ khác có liên quan đến hoạt động hàng hải theo quy định pháp luật;

d) Tổ chức đào tạo, huấn luyện thuyền viên, hoa tiêu hàng hải, sỹ quan an ninh cảng biển và các nguồn nhân lực hàng hải khác theo quy định của pháp luật Việt Nam và điều ước quốc tế mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên;

đ) Công bố tuyến dẫn tàu trong vùng hoa tiêu hàng hải bắt buộc; quy định số lượng tối thiểu hoa tiêu các hạng và phương tiện đưa đón hoa tiêu trên từng tuyến dẫn tàu; quyết định giao tuyến dẫn tàu hoặc vùng hoạt động hoa tiêu cho tổ chức hoa tiêu hàng hải theo quy định.

9. Về vận tải biển và dịch vụ hàng hải:

a) Xây dựng, trình Bộ trưởng các dự thảo văn bản quy phạm pháp luật về phát triển vận tải biển, dịch vụ hỗ trợ vận tải biển, điều kiện kinh doanh dịch vụ vận tải biển;

b) Quản lý các tuyến vận tải thủy từ bờ ra đảo và giữa các đảo được giao;

c) Hướng dẫn thực hiện các quy định của pháp luật về vận tải biển và dịch vụ hàng hải;

d) Tổ chức thực hiện việc thống kê, nghiên cứu, dự báo phát triển hàng hải và đánh giá chất lượng dịch vụ hàng hải;

đ) Thực hiện cấp mới, cấp lại và thu hồi Giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh vận tải biển, Bản công bố phù hợp lao động hàng hải phần I, Giấy xác nhận phù hợp về tuyển dụng và cung ứng thuyền viên; phê duyệt phương án bảo đảm an toàn trong quá trình vận tải hàng hóa siêu trường, siêu trọng trong trường hợp phương tiện thủy rời cảng biển; thẩm định, trình Bộ trưởng cấp Giấy phép vận tải nội địa đối với tàu biển mang quốc tịch nước ngoài;

e) Tổ chức thực hiện kiểm soát tải trọng, kiểm tra an toàn container tại cảng biển theo quy định;

g) Tổ chức thực hiện giám sát giá dịch vụ hàng hải theo quy định;

10. Về an toàn hàng hải, an ninh hàng hải:

a) Xây dựng, trình Bộ trưởng các dự thảo văn bản quy phạm pháp luật về an toàn hàng hải, an ninh hàng hải, lao động hàng hải;

b) Tổ chức thực hiện đảm bảo an toàn hàng hải, an ninh hàng hải, lao động hàng hải đối với tàu thuyền hoạt động tại cảng biển, luồng hàng hải và các vùng biển Việt Nam theo quy định của pháp luật;

c) Tổ chức việc thực hiện việc báo cáo, điều tra, xử lý tai nạn hàng hải và các hành vi vi phạm an toàn hàng hải, an ninh hàng hải theo quy định của pháp luật Việt Nam và điều ước quốc tế mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên;

d) Tổ chức thực hiện phòng, chống thiên tai, phối hợp tìm kiếm, cứu nạn trên biển và trong vùng nước cảng biển theo quy định của pháp luật;

đ) Quản lý nhà nước về hệ thống thông tin hàng hải, báo hiệu hàng hải và các hệ thống hỗ trợ hàng hải khác; tổ chức cung cấp các tài liệu và thông tin nhằm đảm bảo an toàn hàng hải, an ninh hàng hải theo quy định của pháp luật;

e) Tổ chức đánh giá an ninh, phê duyệt kế hoạch an ninh cảng biển; cấp giấy chứng nhận cán bộ an ninh theo quy định;

g) Tổ chức tiếp nhận, xử lý và truyền phát thông tin an ninh hàng hải theo quy định của pháp luật;

h) Tổ chức công bố và truyền phát thông báo hàng hải theo quy định của pháp luật;

i)  Tổ chức thực hiện khai báo, điều tra, thống kê và báo cáo tai nạn lao động hàng hải theo quy định.

11.Về quản lý dự án đầu tư xây dựng:

a) Thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan quyết định đầu tư, chủ đầu tư đối với các dự án được giao quản lý theo phân cấp; xây dựng, trình Bộ trưởng ban hành hoặc để Bộ trưởng trình cơ quan có thẩm quyền ban hành quy định về đầu tư xây dựng, quản lý khai thác cảng biển, luồng hàng hải và quản lý hoạt động hàng hải tại cảng biển Việt Nam;

b) Thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của  cơ quan nhà nước có thẩm quyền đối với các dự án đầu tư trong lĩnh vực hàng hải theo hình thức đối tác công tư theo phân cấp hoặc ủy quyền của Bộ trưởng;

c) Thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan chuyên môn về xây dựng đối với các dự án do Cục hàng hải Việt Nam quyết định đầu tư và các dự án khác theo phân cấp, ủy quyền của Bộ trưởng.

12. Về bảo  vệ môi trường trong hoạt động hàng hải:

a) Xây dựng, trình Bộ trưởng các dự thảo văn bản quy phạm pháp luật về phòng ngừa ô nhiễm môi trường trong lĩnh vực hàng hải;

b) Tổ chức thực hiện phòng ngừa ô nhiễm môi trường trong lĩnh vực hàng hải đối với tàu thuyền hoạt động tại cảng biển, luồng hàng hải và các vùng biển Việt Nam theo quy định của pháp luật;

c) Tổ chức lập, trình cơ quan có thẩm quyền phê duyệt  báo cáo đánh giá môi trường chiến lược đối với chiến lược, quy hoạch, kế hoạch và báo cáo đánh giá tác động môi trường, dự án nhận chìm ở biển đối với các dự án đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng hàng hải được giao theo phân cấp hoặc ủy quyền của Bộ trưởng;

d) Tổ chức thực hiện các chương trình, dự án, đề án, quy hoạch, kế hoạch về bảo vệ môi trường trong xây dựng, quản lý, bảo trì kết cấu hạ tầng hàng hải thuộc phạm vi quản lý Cục Hàng hải Việt Nam;

đ) Hướng dẫn, kiểm tra, giám sát việc tuân thủ quy định pháp luật về bảo vệ môi trường trong các hoạt động hàng hải theo quy định;

e) Tổ chức phê duyệt kế hoạch chuyển tải dầu và chất lỏng độc hại giữa tàu trên biển Việt Nam theo quy định;

13. Tham gia giải quyết tranh chấp, khiếu nại về hàng hải; tổ chức xác nhận việc trình kháng nghị hàng hải theo quy định của pháp luật;

14. Về hợp tác quốc tế;

a) Xây dựng, trình Bộ trưởng phê duyệt chương trình, kế hoạch hợp tác quốc tế về hàng hải hoặc để Bộ trưởng trình cơ quan có thẩm quyền phê chuẩn đề xuất  việc ký kết hoặc gia nhập các điều ước quốc tế về hàng hải; chủ trì xây dựng, trình Bộ trưởng dự thảo thỏa thuận quốc tế về hàng hải;

b)   Tham gia đàm phán để trình cơ quan có thẩm quyền ký kết, gia nhập các điều ước quốc tế, các tổ chức quốc tế về hàng hải;

c) Chủ trì, phối hợp với các cơ quan triển khai các nghị quyết, quyết định của Đại Hội đồng, các Ủy ban chuyên môn của Tổ chức Hàng hải quốc tế (IMO) và các tổ chức quốc tế liên quan khác theo thẩm quyền;

d) Là cơ quan đầu mối quốc gia của Việt Nam trong các tổ chức quốc tế về hàng hải mà Việt Nam tham gia theo thẩm quyền;

đ) Là cơ quan đầu mối quốc gia của Việt Nam chịu trách nhiệm điều phối, tham gia các hoạt động hợp tác tìm kiếm cứu nạn trên biển trong ASEAN;

e) Tổ chức thực hiện chương trình hợp tác quốc tế đã được phê duyệt, thực hiện các điều ước quốc tế và hợp tác quôc tế về hàng hải theo phân cấp quản lý;

15.Tổ chức thực hiện công tác nghiên cứu khoa học, phát triển, ứng dụng và chuyển giao công nghệ trong lĩnh vực hàng hải; xây dựng, triển khai các chương trình, dự án công nghệ thông tin; xây dựng cơ sở dữ liệu, dịch vụ thông tin phục vụ công tác quản lý và khai thác trong lĩnh vực hàng hải.

16. Hướng dẫn, tạo điều kiện cho các hội, tổ chức phi chính phủ tham gia vào hoạt động trong lĩnh vực hàng hải.

17. Thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành hàng hải đối với tổ chức, cá nhân trong việc chấp hành các quy định của pháp luật Việt Nam và điều ước quốc tế mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.

18. Kiểm tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo, phòng, chống tham nhũng, tiêu cực, thực hành tiết kiệm, chống lãng phí và xử lý các hành vi vi phạm pháp luật  đối với các tổ chức, cá nhân thuộc thẩm quyền quản lý của Cục Hàng hải Việt Nam.

19. Thực hiện một số quyền và nghĩa vụ của cơ quan đại diện chủ sở hữu phần vốn nhà nước đối với các doanh nghiệp thực hiện cung ứng dịch vụ công ích về hàng hải theo ủy quyền của Bộ trưởng.

20. Xây dựng và tổ chức thực hiện chương trình cải cách hành chính tổng thể của Cục theo mục tiêu và nội dung chương trình cải cách hành chính nhà nước của Bộ Giao thông vận tải.

21. Quản lý bộ máy, biên chế, cán bộ, công chức, viên chức, người lao động; thực hiện chế độ tiền lương và các chế độ, chính sách đãi ngộ khen thưởng, kỷ luật đối với công chức, viên chức và người lao động thuộc phạm vi quản lý của Cục Hàng hải Việt Nam theo quy định của pháp luật; xây dựng, trình Bộ trưởng cơ cấu tổ chức, vị trí việc làm, cơ cấu ngạch công chức, viên chức của Cục Hàng hải Việt Nam.

22. Được sử dụng kinh phí từ ngân sách nhà nước cấp, từ nguồn thu phí hàng hải, nguồn thu từ phí, lệ phí và các nguồn thu khác theo quy đinh của pháp luật; được áp dụng cơ chế tài chính đặc thù theo quy định để thực hiện nhiệm vụ được giao; quản lý tài chính, tài sản được giao, ngân sách được phân bổ theo quy định của pháp luật.

23. Chì trì xây dựng mức phí, lệ phí chuyên ngành hàng hải, đơn giá sản phẩm, dịch vụ công ích trong lĩnh vực hàng hải; giá dịch vụ hàng hải do nhà nước quy định để trình cơ quan có thẩm quyền quyết định theo quy định pháp luật.

24. Tổ chức đấu thầu, đặt hàng hoặc giao kế hoạch thực hiện sản xuất, cung ứng sản phẩm và dịch vụ công ích trong lĩnh vực hàng hải theo quy định pháp luật.

25. Trực tiếp quan hệ với cơ quan nhà nước có liên quan để thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, được giao theo quy định của pháp luật và phân cấp, ủy quyền của Bộ trưởng.

26. Thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn khác do Bộ trưởng giao và theo quy định của pháp luật.